技能学习主要通过分布在各地的技能机器、与特定NPC互动以及利用宝可梦自然成长机制实现。遍布关都地区的技能机器是学习新技能的核心途径，其中部分需要通过击败道馆馆主或完成剧情任务获取，例如居合斩秘传机需要在圣安奴号的船长室获得。游戏中存在多达50种技能机器和7种秘传技能机器，它们被放置在城镇、洞穴或作为任务奖励，例如在紫苑镇精灵塔顶层可以获得TM30影子球，在冠军之路隐藏位置可以找到TM26地震。这些道具一旦获得便可让符合条件的宝可梦永久学会对应技能，但需要注意部分秘传机技能学习后无法自然遗忘。
特定NPC是学习关键技能的另一重要渠道，他们通常位于固定地点并提供教学或赠送服务。游戏中存在技能教学者，如在某城市的武术家可以传授百万吨拳击和百万吨飞踢等战斗技能。更重要的是技能回忆师，其位置在第二岛屿右下角的小屋内，他可以消耗一个大树果或两个小树果让宝可梦重新学会之前遗忘的升级技能，这对调整队伍战术组合至关重要。推动剧情也能从NPC处获得必要技能，例如在绿萌镇帮助NPC后可以获得劲力术秘传机，该技能用于推动巨石探索地图。
部分特殊技能的获取与游戏进程和探索深度绑定，需要玩家完成特定条件或前往隐藏区域。闪光术秘传机的获取要求是捕获超过十种宝可梦后，在特定道路找到博士的助手进行兑换。而后期一些高级技能机器则藏匿在需要秘传技才能抵达的区域，例如流星瀑布深处或潮香山洞内部。完成某些支线任务也是途径之一，例如在浅红市原野区深处完成寻找金牙的任务后，可从园长处获得怪力术的学习许可。这些设计鼓励玩家进行全面的地图探索并与各类NPC交流。
宝可梦自身的成长构成了技能学习的基础，每只宝可梦都拥有预设的技能学习列表，等级提升会自动领悟。这种升级学习是自然且固定的，无需外部道具或NPC介入。当玩家需要重新配置此类技能时，就必须借助位于第二岛屿的技能回忆师服务。通过无线适配器与其他玩家交换得到的宝可梦，可能携带通过特殊活动才能习得的限定技能，这类技能在常规单机流程中无法获取，构成了技能获取的一个特殊分支。
