玩家需要收集8枚徽章才能挑战宝可梦联盟。这些徽章分别对应不同属性的道馆，分布在关都地区的各个城市。获得徽章不仅是推进主线剧情的必要条件，还能提升特定属性宝可梦的能力，并允许玩家在野外使用更高等级的秘传技能。徽章的获取顺序通常为：灰色徽章（尼比市）、蓝色徽章（华蓝市）、橙色徽章（枯叶市）、彩虹徽章（彩虹市）、金色徽章（金黄市）、粉红徽章（紫苑镇）、深红徽章（红莲镇）和绿色徽章（常青市）。
灰色徽章是玩家获得的第一枚徽章，位于尼比市的岩石系道馆，馆主小刚使用的宝可梦包括LV12小拳石和LV14大岩蛇。击败后除了获得徽章，还能得到TM39岩石封。蓝色徽章在华蓝市的水系道馆获取，馆主小霞的阵容为LV18海星星和LV21宝石海星。橙色徽章则需要玩家在枯叶市的电系道馆中解开垃圾桶机关，战胜馆主马志士后获得。这三枚徽章构成了游戏前期的核心挑战，玩家需要合理搭配属性克制关系才能顺利通过。
游戏中期的主要徽章包括彩虹市的彩虹徽章和金黄市的金色徽章。彩虹市的草系道馆馆主艾莉嘉擅长使用大食花和霸王花，而金黄市的超能力系道馆需要先解决火箭队事件才能挑战。粉红徽章位于紫苑镇的幽灵塔顶层，玩家需先获得精灵眼镜才能看清幽灵系宝可梦。深红徽章在红莲镇的火系道馆，馆主夏伯的阵容以火属性为主，建议携带水系或岩石系宝可梦应对。
最后一枚绿色徽章在常青市的地面系道馆，馆主坂木实际上是火箭队首领。击败他后不仅能获得徽章，还会触发火箭队基地的后续剧情。集齐全部8枚徽章后，玩家即可前往石英高原挑战四天王和冠军。需部分徽章的获取需要先完成特定支线任务或掌握秘传技能，如居合斩和闪光术。
徽章系统的设计体现了游戏的阶段性成长机制，每枚徽章都对应着玩家队伍实力的提升。道馆挑战不仅是属性克制的实战教学，也推动了关都地区的探索进程。后期徽章的获取难度明显提高，要求玩家对队伍配置和技能搭配有更深入的理解。
游戏中的徽章数据与初代口袋妖怪红/绿基本一致，但火红版在道馆布局和馆主阵容上做了细节优化。部分徽章的获取路径需要结合剧情事件，如金黄市道馆需先解决希鲁夫公司事件。徽章效果在原版基础上增加了特定属性能力提升，使得收集过程更具策略性。
