战舰部署的核心在于合理规划舰队编组与战略定位。根据舰船功能可分为前排防御型、中排输出型、后排支援型以及特殊功能型（如防空、载机）。前排通常由高护甲或闪避属性的舰船承担，例如ST59、奇美拉级；中排配置永恒风暴、红宝石级等火力单位；后排则部署卡利斯托级鱼雷舰或维修舰。需注意舰队整体移速由最慢舰船决定，避免将龟速战巡（如太阳鲸）与高速护卫舰混编。
工程舰应优先配备仓储模块提升效率，中型工程舰（如721载货型）每小时采集量可达3万单位。战斗舰队需根据敌方阵容调整克制关系，若敌方航母居多，需编入防空型舰船（如光锥防空型）；若以护卫舰为主，则选择斗牛级等针对性舰船。计划圈是行动基础，初期仅能建立2个，需优先用于资源点占领或关键航道封锁。
常规FG300护卫舰加点以动力和仓储为主；刺水母、红宝石等护航艇优先点策略技能与暴击属性；ST59战巡需强化能量抗性与护甲。攻城类舰船（如雷利亚特）需单独编组高速拆家队，利用其针对护卫舰的特性快速清理敌方前哨。维修舰仅在低强度战斗中编入主力队，中后期因治疗量不足建议替换为输出单位。
母舰等大型单位需通过增援指令灵活调度。太阳鲸等低速母舰应搭配高速护卫舰建立计划圈，利用曲率航行支持快速抵达战场。CV3000可配合永恒风暴组成机动编队，但需避免与ST59混编拖累速度。撤退时需用工程舰护送母舰返回基地，防止被敌方追踪。战斗中残血舰船会自动后退，需确保前排数量不少于6艘以维持掩护效果。
高能辐射区仅允许巡洋舰、战列巡洋舰等大型舰进入；小行星稀疏区则限定护卫舰与驱逐舰活动。需提前根据目标区域调整舰队构成，例如进入辐射区时需放弃小型舰，改用巡洋舰为主力。攻城战中，雷利亚特可快速清除敌方护卫舰，但需搭配攻城值更高的单位突破防线。
战巡模块可通过研究蓝图箱子解锁，商城定期更新不同类型箱子。舰队潜能取决于配件系统改造，每艘舰船5-7个配件槽需针对性强化。例如轨道炮型舰船侧重单发伤害，导弹舰则需提升命中与装填速度。同盟作战时，提前将母舰调至前线基地待命，避免长途跋涉遭遇伏击。
