技能搭配的核心在于理解属性克制关系与技能组合的战术价值。水系技能克制火系但被草系抵抗，火系克制草系但被水系压制，草系克制水系却被火系反制，这种循环克制关系是构建技能体系的基础。每只精灵最多可携带四个技能，需兼顾攻击覆盖面和属性互补性，避免单一属性被完全针对。高压水炮、硬化植物、闪电等各属性顶级技能可通过招式机或升级学习，但需考虑技能命中率与PP值的平衡。
输出型精灵如喷火龙应配置高威力火系技能如燃烧殆尽，搭配飞行系神鸟扩大打击面；水箭龟可学习冲浪与冰冻光束形成水火双属性压制。防御型精灵如妙蛙花需配置寄生种子与催眠粉等控场技能，超梦则适合精神干扰搭配自我再生保持续航。三圣鸟等传说宝可梦因属性专精需强化本系技能，闪电鸟的十万伏特与急冻鸟的暴风雪是典型的高收益选择。
招式机25闪电、招式机29精神干扰等关键技能需通过游戏厅兑换或剧情获取，部分顶级技能如高压水炮仅限7岛特定教学。精灵进化链也影响技能池，例如皮卡丘进化雷丘后无法习得冲浪，而勇吉拉必须通讯进化才能获得胡地的完整技能库。技能遗忘机制允许在特定NPC处删除旧技能，为战术调整提供空间但需谨慎操作。
四天王战中科拿的冰系队伍需用精神干扰破解乘龙的冰水双抗，菊子的幽灵系则被恶系啃咬克制。劲敌战的喷火龙需防范水箭龟的高压水炮，而椰蛋树惧怕飞行系技能。通关后七岛挑战对技能组合的全面性要求更高，需准备岩石封杀等针对性技能应对特殊敌人。
火红版未引入后续世代的特殊球种与技能机制，需善用现有资源如超级球与高级球提高捕捉效率。部分技能如灭亡之歌、殊途同归在特定场合具有战略价值，但需配合速度属性确保发动优先级。Mega进化等后续特性在本作不可用，技能威力计算完全依赖基础数值与属性加成。
