副本系统是放开那三国3的核心玩法之一，玩家通过参与主线副本、精英副本和活动副本来获取武将进阶材料、装备突破资源及稀有道具。主线副本随剧情推进逐步解锁，每章地图包含8屏可探索区域，隐藏彩蛋和特殊事件分散部分章节设有隐藏地图入口，需通过留言板线索或特定交互触发。精英副本难度较高但奖励更优质，每日挑战次数有限，需合理分配体力。活动副本为周期性开放玩法，如黄泉之乱波次生存战，需针对性调整阵容策略。
隐藏点是副本探索的重要环节，并非所有章节均设置隐藏关卡。目前已确认的隐藏点分布于第2章左上方石碑处、第5章地图中下方、第10章左下方及右上方双重隐藏区域、第13章水中亭子等位置。进入隐藏地图需击败宝箱守卫，其战斗机制与常规敌人不同，需注意阵容克制关系。若未达成完美通关，可通过副本结算页面的探索进度提示查漏补缺，包括未触发的7类事件或未拾取的5类道具。
三星通关需同时满足击败首领、全员存活等基础条件，部分关卡附加限时或特定技能释放要求。战斗前建议查看敌方阵容，优先配置打断链武将如郭嘉、张辽以应对BOSS技能前摇。属性克制系统可提升20%伤害效率，例如火属性华雄需用水属性甘宁克制。地形机制如长坂坡的滚木落石需手动拖动武将图标规避，可减少30%战损。
紫色品质装备精炼至+5即可过渡，金色装备优先强化武器与鞋子。武将培养应集中主力输出角色至三星解锁核心技能，辅助类武将二星即够用。每日体力消耗顺序推荐活动副本＞精英副本＞主线副本，扫荡券可通过任务或商城获取，用于快速重复通关已三星的章节。
副本探索的元宝、银币等资源需优先用于购买体力与图鉴升级。军团捐献和随机商人刷新也是消耗元宝的合理途径。若卡关可参考战报功能中魏蜀吴群雄四类阵容的通关记录，但需注意阵容强度受武将星级与装备品质影响较大。隐藏奖励未收集时，地图边缘常出现闪光点提示，需仔细排查。
副本进度与主角等级紧密关联，如第6章解锁军团功能，第10章开放冒险玩法。魔魂塔和攻城略地等衍生玩法需通关特定主线后激活，建议优先突破第16章与第18章。战力压制机制要求敌方平均战力不超过己方15%，否则会触发伤害减免效果，需通过将星系统或装备精炼弥补差距。
